柔佛苏丹国创建者在马六甲王国灭亡之后，选定了旧柔佛作为了首都，此后，在三角交争（亚齐、柔佛和葡萄牙）之中，旧柔佛被葡萄牙攻占，此后的柔佛苏丹国的首都巴都沙哇、巴淡岛和宾坦岛等七八个地方更换，实际上，柔佛王室逃往哪里，哪里就是首都，但是随着合众国与荷兰人的崛起，柔佛苏丹国最终的王都定在了旧柔佛。
这是一个绝佳的好位置，柔佛河只能通航三百吨以下的船只，而其诸如的柔佛海峡则是宽不过两三公里，长五十公里的鸡肠子，拥有大吨位炮舰的殖民者和海上强国不可能让主力舰钻进柔佛海峡，更无法上溯到王城，在狭窄少风的柔佛河和柔佛海峡，柔佛苏丹国那二十多艘的桨帆战舰就是无敌的。
一直到永历五年末，合众国先遣舰队正式向柔佛苏丹国宣战！
旧柔佛的地利优势挡得住主力舰却挡不住桨帆战舰，限制的了海军却无法限制陆军，这一次，合众国必灭柔佛！
狭窄的柔佛海峡里，两艘排水量超过四百吨的加莱赛桨帆船正在发命狂奔，奴隶桨手拼命的推动着粗壮有力的船桨，赋予了加莱赛帆船高达六节的速度，船尾旗杆上，合众国的战旗在飘扬，而在其后，十余艘加列船疯狂追击，双方的船艏和船尾火炮不断开火，海峡上空硝烟弥漫。
狭窄的海峡只能容纳两艘船并排航行，合众国的加莱赛帆船船尾圆形炮台一共有六门火炮，其中三门可以直射身后，而追击的柔佛加列船只要两门射击的船艏火炮，而且还是轻炮，六门九磅炮和四门四磅炮之间对射，合众国舰队占据了上风，两个小时的追逐战，击沉了两艘柔佛加列船。
“追上去，干掉那群异教徒，阿拉。”柔佛王子阿巴利德站在最前方的加列船上，手中华丽的马来克力士剑飞快挥舞着，桨舱之中，士兵用力抽打着奴隶的后背，让其迸发出最大的力气，而在船艏炮座，炮手们清洗了刚刚发射完的炮膛，重新装填，点火击发，四磅炮弹击中了加莱赛帆船的炮台，穿破了一个大洞，长达五分钟的时间，里面都没有再开火，而前面的海峡越发狭窄，已经到了海峡最狭窄处，加莱赛宽大得身躯只容得下一艘通过，两艘船出现了混乱，阿巴利德看到了胜利的曙光。
“准备接舷战，圣战士们，去吧，屠杀异教徒吧！”阿巴利德天生有一副大嗓门，即便在隆隆炮声中，声音也可以让船上的每个人听清，他穿着华丽的铠甲，手持银光闪耀的双剑，指挥着身后的加列船靠拢，待三艘加列船并排之后，他下达了突击的命令！
加莱赛船上，加西亚戴上自己西班牙式的龙虾铁盔，高喊道：“圣地亚哥！”
“圣地亚哥！圣地亚哥！”加西亚麾下的葡萄牙雇佣兵们大声齐呼，看着敌人从四面八方涌来，加西亚丝毫不惧，在加列船与加莱赛帆船并排的一刻，加莱赛帆船上的侧舷六磅炮打了一轮齐射，惨烈的接舷战爆发，阿巴利德率领穿白袍的士兵登上了两艘加莱赛帆船，轻易把甲板上的人冲散。
但是随着一声铜哨声音响起，前后船楼的炮台上，火绳枪发出了一轮轮的齐射，高喊圣地亚哥的葡萄牙胸甲长矛手奔出船楼，从下层甲板涌出，相互配合，把一个个的武士刺穿在船上，阿巴利德率领的武士也被冲散，在装配精良的雇佣军和陆战队面前，天方教武士崩溃，有人跪地投降，有人跳入海中，阿巴利德愣在那里，好在他的护卫没有发愣，一把把他抓住，拖拽回了己方的战船。
阿巴利德失魂落魄的被属下脱下身上的铠甲，扔掉手中的宝剑，推入水中，在企图登上后方船只的时候，震耳欲聋的炮声从南岸的丛林之中响起，轻便的四磅铜炮被陆军炮兵推了出来，一轮轮炮击着暴露在狭窄海峡里的加列船，岸边甚至有陆军士兵的燧发枪齐射，横飞的铅子打死了很多暴露在上层甲板的人。
狭窄的海峡里，拥挤在一块的加列船转向不便，乱作一团，阿巴利德被人拖向了北岸，几个人登上一艘小船，逃离的战场，只剩下被岸边火炮炮击的加列船队，在柔佛的土地上，阿巴利德看到了令他绝望的一幕，在柔佛海峡的西面，一支由加莱赛桨帆船和小型划桨船组成的船队正快速逼近，这支船队不仅有强力的火炮，还满载着身经百战的士兵，六百多名切支丹武士随船参战，身披南蛮大铠的他们跳上加列船，势大力沉的武士刀在狭窄的船舱里杀出了腥风血雨。
“完了，一切都完了。”阿巴利德没有了出战前的意气风发，更没有刚才高呼宗教口号时的狂热无匹，有的只剩下面如死灰。
在阿巴利德的面前，柔佛舰队的主力正被摧毁，实心炮弹射进加列船的体内，华丽的船楼、精致的栏杆被搅的粉碎，大量的人落水，然后被小船上的燧发枪手射死在海峡之中，狭窄的航道里，到处是船只的碎片和缓缓下沉的尸体。
“走，回王城，我要为柔佛做最后一件事！”阿巴利德坚定的说道。
一个护卫拦住了他，说道：“殿下，大维齐尔在出征之前告诉我，如果您大获全胜，他会在王城为您准备盛大的欢迎仪式，如果您不幸失败了，请您设法前往巴达维亚，只有荷兰人才能为柔佛复仇！”
另外一个护卫说道：“殿下，去巴达维亚吧，要殉城的应该是懦弱的苏丹，而不是勇敢的王子，马六甲王国毁灭了，您的先祖建立了柔佛王国，柔佛毁灭了，您也可以效仿先祖建立一个新的国度，只要有您，柔佛才有希望啊。”
柔佛海峡一战消灭了柔佛王国大部分的舰队，很快，由李北极亲率的舰队北上旧柔佛，柔佛河口宽超过了四千米，到达旧柔佛的河段，水深在四米到十一米之间，只要避开河中的沙洲，三百吨的船只可以直航旧柔佛王城，可惜的是，此地风力微弱，帆船不得逆行，只得以划桨船为主。
但是宽阔的河流航道要比热带密林中闷热的山间小路要舒适的多，在柔佛国的各个港汊，舰队遭遇了各类反击，残留的加列船，装满油脂和火药的纵火船，还有潜藏在水底的水鬼，但这一切都没有阻碍合众队的脚步，在付出了三百多人死亡的代价，擒杀了一千多名柔佛士兵之后，舰队抵达了柔佛王城，经历了海战和拦截，柔佛王城的守军数量下降了两千余人，用椰树桩子和泥巴构筑起来的城墙也不会带来多大的阻碍。
陆战队顶着烈日和满河的蚂蟥上岸，用燧发枪的排枪齐射打溃了出城反击的柔佛人，掩护炮兵登陆，经过火力试探，柔佛人的王城中拥有不下五十门的火炮，但多是佛郎机一类的小炮，长身管的加农炮没有几门，野战炮营的十二磅青铜炮成为了战场王者，实心炮弹在土木结合的城墙上打出了一个又一个的缺口。
进入夜晚，登陆的军队遭遇了从丛林中出来的柔佛士兵袭击，夜幕的掩护下，柔佛人展示了精湛的丛林战和夜战技巧，但合众有着严格的纪律，分布在营寨之外的鹿砦、壕沟以及与士兵并肩作战的猎犬给柔佛人带来了巨大的麻烦，柔佛人倚重的陆战主力——大象，在火器面前不值一提，手榴弹的爆炸让战象失去控制，冲散了柔佛人的阵列。
最终，合众发动了攻城战，在炮兵的掩护下，加西亚手下的葡萄牙板甲兵和后藤信诚领导的日本武士冲入了城中，攻破了这座王城，懦弱的柔佛苏丹在最后一刻选择投降，被维齐尔一刀斩杀，这位忠勇的宰相战斗到了最后，并企图用火药和大火毁坏王宫。
在旧柔佛和周边，陆军扫荡了半个月，一共抓到了四万多名俘虏，缴获了不到三十万两的白银还有一些紧俏的货物，最终，陆军撤离了这座王城，把柔佛王城焚成白地，拔掉了马来半岛上最大的反抗力量。
而在北大年行政长官区，王必达率领陆军沿着马来半岛西海岸的平原南下，攻伐吉打和霹雳，随着李明勋率领的远征舰队到来，驱散了来自巴达维亚的支援，舰队带来的陆战队在各处海岸登陆，攻击马来半岛上所有的苏丹国和城邦，把天方教徒聚集的地方清扫一空，前后用了两个月的时间，
远征舰队带来的支援让马来半岛上的合众数量超过了一万两千人，这还只是正规军，如果加上雇佣兵和动员的民兵，数量就超过了两万，这让合众国的攻城略地变的极为有效率，马来半岛上七个苏丹国和城邦都没有抵抗太久，其中只有彭亨苏丹选择了投降，其余或者投降太晚，或者被诛杀亦或者逃亡海外，亚奇苏丹国和巴达维亚是最主要的逃亡地。
彭亨苏丹被迫变卖财产，其一家百余口被迫依据马尼拉，其余的苏丹多没有这么好的运气了，大多被族诛。
马来半岛的苏丹国很穷，七个小国也仅仅是缴获了价值一百二十万两的白银、货物和其他贵金属，本地那泛滥的铅币和各国粗陋的铜币让收获的价值大大下降，最大的收获莫过于人口，七个小国的王城、港口和主要聚集点一共俘获了超过十六万的俘虏，这些人全部被籍为奴隶，年老者和幼年儿童被直接释放任其自生自灭，只有强壮的男人和女人才被拉上船带走。
男人大部分被发配到了槟城，那里正在建设港口和城市，槟城对面的沿海平原区也要进行提前开垦，以满足将来的大规模移民，女人则被发配往吕宋和北大年地区的种植园，那里的胡椒、油棕和咖啡种植园需要大量的人手，在槟城工作的奴隶，许多最终前往了金城，为合众国金矿的开发奉献了最后的生命。
马来半岛上七个小国中，只有吉打、霹雳和吉兰丹被留下，其余全部被焚毁，目前来说，合众国没有实力全面开拓马来半岛，只能集中资源，吉打是富庶的农业区，可以为槟城提供急需的各类资源和农产品，霹雳和吉兰丹两地都有开采成熟的锡矿，来自合众国的矿业商人和大企业早已瞄准了这以往被荷兰人垄断的产业，这两地不仅会得到开发，还会有军队入驻，为锡矿捕捉更多的奴隶作为劳力。
而马来半岛上唯一不被合众国掌握的就是马六甲城，东印度公司在得到合众国宣战的消息之后，加强了本地的防守，兵力达到了一千二百人，还增强了十余门重型火炮，大量的粮食和火药充塞在了要塞各处，而马六甲的驻留舰队则是返回了巴达维亚，摆出了一副固守待援的架势，按照以往的规律，这样的城堡会固守一两年，一直到弹尽粮绝或者东印度公司彻底落败。
一直到合众国消灭了马来半岛上所有的小国，才把注意力放在这座要塞之上，王必达亲率一支四千多人的军队从吉兰丹南下，包围了马六甲城，但其意图根本不在于攻城，而是在于破坏。
合众烧毁了要塞之外的所有房屋，用火炮摧毁了连接马六甲河两岸的重要桥梁，把港口拆卸一空，并将周围所有的土著和荷兰混血儿捕捉为奴隶，破坏持续了一个多月，在合众离开的时候，掘开了马六甲河的水坝，把河流两岸的种植园淹没，这一过程中，没有与要塞中的荷兰人发生冲突，合众离开的时候，本地已经没有任何一座完好的建筑，甚至找不到一只牲畜和人丁。